Mùa ra hoa tự nhiên của sầu riêng thay đổi tùy theo giống và điều kiện khí hậu của từng nơi. Ở Thái Lan, giống sầu riêng sớm ra hoa vào cuối tháng 11 kéo dài đến cuối tháng 12 và thu hoạch cuối tháng 3 đến tháng 5 (90 – 100 ngày sau khi đậu trái). Giống chính vụ như giống sầu riêng Monthong và Chanee ra hoa từ giữa tháng 12 đến giữa tháng 2 và thu hoạch vào khoảng giữa tháng 6 (110 – 120 ngày sau khi đậu trái). Giống muộn ra hoa cùng lúc với giống chính vụ nhưng có thời gian thu hoạch vào khoảng giữa tháng 7.
Ở vùng nhiệt đới gió mùa ở gần xích đạo như ở Indonesia và Mã Lai, sầu riêng có thể ra hoa hai lần một năm vào tháng 3 – 4 và tháng 8 – 9. Tuy nhiên, trong năm 1975, do có điều kiện đặc biệt khô hạn với lượng mưa thấp trong 10 năm, cây sầu riêng đã ra hoa ba vụ vào tháng Giêng, tháng Năm và tháng Mười một. Trong khi ở hai năm tiếp theo, những cây sầu riêng này ra hoa hai vụ vào tháng Hai và tháng Bảy. Ở vùng tận cùng phía Bắc của bang Queensland, Úc Diczbalis và Westerhuis. Nhận thấy sầu riêng hoa vào những tháng mùa khô vào cuối mùa xuân.
Ở Việt Nam, vùng Tây nguyên chênh lệch thời gian thu hoạch giữa giống sầu riêng Monthong với sầu riêng Ri 6, Sữa hạt lép và Khổ qua xanh chỉ 20 – 30 ngày. Nên khí hậu ở từng vùng là yếu tố quyết định và hình thành nên cơ cấu mùa vụ sầu riêng ở Việt Nam. ĐBSCL có thời vụ thu hoạch sớm nhất do có điều kiện bằng phẳng ở vùng đồng bằng, tiếp theo là miền ĐNB là vùng đồi núi có độ dốc nhỏ, độ cao < 200m so với mực nước biển và trễ nhất là vùng Tây Nguyên với độ cao từ 500 – 600m ở vùng Đăk Lăk đến 800 – 900m ở vùng Di Linh (Lâm Đông). Ở miền ĐNB do thiếu nước trong mùa khô và Tây Nguyên có nhiệt độ trung bình thấp hơn nên sầu riêng ở hai vùng này thu hoạch chậm hơn 1 – 2 tháng so với ĐBSCL. Điều kiện khô hạn và nhiệt độ thấp ảnh hưởng đến sự ra hoa, sự phát triển trái đã hình thành nên cơ cấu rải vụ tự nhiên sầu riêng Việt nam bắt đầu từ tháng 4 đến tháng 10.
Ở ĐBSCL sầu riêng ra hoa từ tháng 12 đến tháng 1 năm sau, thu hoạch vào tháng 4 – 5 dó có địa hình bằng phẳng, nhiệt độ trung bình cao, thời gian phát triển trái ngắn. Ở ĐBSCL nhà vườn chủ động được nước trong mùa khô và mùa mưa nên có thể áp dụng kỹ thuật xử lý cho sầu riêng ra hoa rải vụ gần như quanh năm. Tuy nhiên, trong tháng 8 – 9 là thời điểm ít có sầu riêng thu hoạch nhất trong năm vì hầu hết sầu riêng ra hoa chính vụ nào vào tháng 12 – 1 do ảnh hưởng của điều kiện nhiệt độ thấp và khô hạn. Muốn thu hoạch vào tháng 8 – 9 nông dân phải điều khiển cho cây ra hoa vào tháng 2 – 3 và ức chế không cho cây sầu riêng ra hoa mà phải ra đọt vào tháng 12 – 1, đây là những tháng có điều kiện nhiệt độ thấp và khô hạn, thích hợp cho sự ra hoa hơn là sự ra đọt. Mặc dù giá sầu riêng chính vụ thấp và giá ở thời vụ vào tháng 8 – 9 cao hơn nhưng nông dân không điều khiển cho sầu riêng ra hoa ở thời vụ này vì kết quả đạt được không cao.
Ở miền Đông Nam Bộ, sầu riêng ra hoa từ tháng 1 – 3, thu hoạch vào tháng 6 – 8. Mùa vụ thu hoạch tự nhiên ở miền Đông Nam Bộ bắt đầu từ 8/6 đến 15/9 và thu hoạch sớm hơn gần 1 tháng nếu kích thích cho cây ra hoa bằng cách phun PBZ nồng độ 0.1%. Ở tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu, cho biết xử lý ra hoa bằng cách phun PBZ nồng độ 1.000 – 1.500 ppm kết hợp với phủ mặt liếp cho thu hoạch sớm hơn 19 – 21 ngày.
Ở Tây Nguyên, sầu riêng trồng ở những nơi có độ cao khác nhau đã ảnh hưởng đến thời gian ra hoa và thu hoạch. Ngoại trừ vùng Đạ Huoai (Lâm Đồng) có điều kiện khí hậu tương đối nóng giống như vùng Tân Phú của tỉnh Đồng Nai, sầu riêng ra hoa tháng 12 – 1 và thu hoạch sớm vào tháng 4 – 5, các vùng khác ra hoa vào tháng 1 – 3 thu hoạch vào tháng 7 – 8, riêng sầu riêng Monthong thu hoạch kéo dài đến tháng 9 – 10. Do điều kiện nhiệt độ thấp nên thời gian từ khi ra hoa nở đến khi thu hoạch của sầu riêng Monthong kéo dài đến 5 tháng.
Khác với ĐBSCL, sầu riêng ở miền Đông nam Bộ và Tây Nguyên chủ yếu ra hoa do ảnh hưởng của thời tiết, rất ít nhà vườn áp dụng kỹ thuật xử lý ra hoa nghịch hay rải vụ. Do đó, thời vụ thu hoạch sầu riêng ở hai vùng này có thể sớm hay muộn, trúng hay thất phụ thuộc vào yếu tố thời tiết hàng năm.
